أعربت حركة حماس عن أسفها مما جاء في كلمة رئيس السلطة الفلسطينية محمود عباس أمام القمة العربية المنعقدة في المنامة، حول عملية طوفان الأقصى، ومسار المصالحة الداخلية، مؤكدة أن "العدو الصهيوني الذي يُعمِل في شعبنا الأعزل قتلًا وإرهابًا وتنكيلًا، لا ينتظر الذرائع لارتكاب جرائمه بحق شعبنا في جميع مراحل ومحطات النضال الوطني منذ العام 1948".

وأضافت في بيان لها الخميس 16 أيار/ مايو 2024، أن عملية طوفان الأقصى في السابع من تشرين الأول/ أكتوبر، شكّلت الحلقة الأهم في نضال الشعب الفلسطيني في مواجهة الاحتلال الذي ينتهك الحقوق والمقدّسات، وينكِّل بالأسرى، لتُعِيد وضع القضية الفلسطينية من جديد، على رأس سلم الأولويات، وتُحَقِّق من المكاسب الاستراتيجية ما يسوء وجه هذا الكيان.